Hast du den Transistor so wie auf dem Schaltbild angeschlossen? Dann ist es kein Wunder das die Transistoren kaputt gehen.
Aber nun erst mal zu deinen Fragen.
Frage 1: Plus muss bei einen NPN Transistor an den Kollektor. Das Bild von Elektronik Kompendium dient nur der Verdeutlichung der Spannungs- und Stromverteilung und steht so auch genau als Überschrift darüber. Es wird nicht gesagt das ein Transistor so zu verwenden ist. Dazu später mehr.
Frage 2: Jeder Transistor schaltet ab einer bestimmten Spannung an der Basis voll durch z.B. größer 0,7 Volt. Ab einer bestimmten höheren Spannung geht er dann kaputt

. Gleiches gilt bei der Kollektor-Emitter Spannung. Die genauen Werte stehen im Datenblatt. Die GPIO Spannung und 5V des Lüfters sind erst mal nicht das Problem.
Frage 3: Wie bei den Spannungen gibt es auch beim Strom maximal Werte die nicht überschritten werden dürfen. Auch diese stehen im Datenblatt und sind von Transistor zu Transistor unterschiedlich.
Nun zu deinem Problem. Ich nehme mal an du hast den Transistor wie im Bild angeschlossen. 5Volt an den Lüfter und Kollektor und den GPIO-Pin an die Basis. Somit läuft der Lüfter gleich los auch wenn an der Basis erst mal keine Spannung anliegt. Da der Transistor noch nicht schaltet, fließt der gesamte Strom, bei dir um die 10 mA durch den Lüfter.
Ab einer Spannung von etwa 0,7 V an der Basis, wird die Kollektor-Emitter Strecke leitend und es beginnt ein Strom durch den Transistor zu fliesen. Je höher die Spannung an der Basis desto leitfähiger wird der Transistor bis das max. erreicht ist. Bei 3,3 Volt GPIO ist er auf jeden Fall maximal. Leitfähig. DIe führt nun dazu das fast der maximal mögliche Strom vom 5 Volt Anschluß durch den Transistor fließt, dieser sehr heis wird und kaputt geht.
Wie geht es nun richtig? Nun am Ende der von DIr verlinkten Seite sind Links zu den Möglichen Grundschaltungen und die Verwendung als Schalter.
https://www.elektronik-kompendium.de/si ... 208031.htm
Wichtig ist dabei sind die Widerstände. Diese begrenzen den Strom und sind so zu wählen das die Grenzwerte des Transistors nicht überschritten werden. Beim Schalten von Relais und Motoren empfiehlt sich der Einsatz einer Freilaufdiode. Ist auch auf der Seite beschrieben.
Hier ist eine Anleitung die dir weiter hilft. Der Motor ist hierbei der Widerstand zwischen +5 V und dem Kollektor den du in anderen Schaltbildern findest. Es empfielt sich aber auch ein Widerstand zwischen GPIO und der Basis um den Strom auch an dieser Stelle zu begrenzen und den Raspi zu schützen.
https://codingworld.io/project/mit-tran ... en-steuern