Das musst du in keiner Datei machen. Einfach in der Oberfläche den Dialog zum Konfigurieren der Kontroller Tasten aufrufen. Ich habe meinPi gerade nicht zur Hand daher aus dem Gedächtnis: Menütaste (Select-Taste?) und im Menü "Configure Input" wählen. Nun drückst du alle Tasten in der Reihenfolge der Liste. Als letztes kommt der Hotkey.
https://github.com/RetroPie/RetroPie-Se ... figuration
Leider funkt der Exit nicht immer. Könnte aber am Spiel oder an einem der Emulatoren selbst liegen. RetroPie besteht ja aus mehr als einem Emulator.