Tenía exactamente el mismo problema que tú y, tras muchas pruebas, parece que he dado con la tecla:
El problema era que Centerim (el programa que uso para las notificaciones por Hangouts), se ejecutaba en segundo plano bajo mi usuario:
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luis 2565 0.0 0.2 4544 1216 ? Ss Jan18 0:00 SCREEN -d -m centerim
luis 2567 0.0 1.1 13052 5036 pts/0 Ss+ Jan18 0:11 centerim
Y el usuario que "ejecuta" el scrip de notificación cuando termina el torrent no es el mismo, así que, en el script, forcé la llamada a Centerim desde mi usuario:
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sudo su luis -c "centerim -s msg -p jab -t midireccion@gmail.com < /etc/transmission-daemon/mensaje"
Además, el script está en el mismo directorio que el fichero de configuración y con estos permisos:
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-rwxr-xr-x 1 root debian-transmission 512 Jan 18 21:22 torrentFinished.sh