no se el uso que le vas a dar a ese hdd pero si quieres que vaya fino te recomiendo que lo formatees en ext4 , si solo quieres reproducir en red desde el o acceder por samba(deduzco que tienes instalado alguna distro de tipo kodi). El ntfs es uno nde los sistemas menos eficientes, en cualquier caso puedes hacerlo funcionar instalando software desde apt-get(dependiendo de la distro).si ya lo tienes instalado y te va el usb es mas raro y en ese caso apuntaria a que en ese formato no soporta tanta capacidad , porque de cuanto es el hdd?
si vas ha dejarlo de media center y pequeño nas con bittorrent+ plex es similar a mi configuracion. instalas openelec en una sd, formateas el hdd a ext4 , en el archivo cmd.conf de la sd en
pones
y inicias. creas un directorio que lo llamas nas y en .config editas el archivo samba.conf y añades nas para que sea editable por samba. instalas el addon de transmission y el de plex , les cambias las rutas a nas y listo.
yo ademas tengo un modulo ir para manejarlo con lirc, un lcd i2c paramostrar info de tipo hitachi hd44780 y un rele controlado para encender o apagar el ventilador. si te interesa la conf estate atento porque subire la info en unos dias.
saludos